• GROMACS
    GROMACS GROMACS是一款开放源码的分子动力学模拟程序,其field files支持amber格式,大家都知道现在MD程序中用到的top,parm文件基本上都产自charmm和amber程序。 說支持但用起来需要手工修改,不能用源文件,比较麻烦。如果你用过GROMACS,那么印象最深的应该是他满屏幕的显示,还有繁琐的工序pdb2gmx-->editconf--> genbox--->genion--->mdrun每跑一个样本下来,相当于编了几十行的程序。还有一点就是如果你的体系中有盐离子浓度规定的话,在genion这一步你需要修改.top 文件,我的天,真的很麻烦。不过幸好我最后把perl研究了一下,写了个脚本,让这一切统统一步搞定。所需要做得就是在运行脚本前设置好相应的参数,比如离子浓度。 当然这个软件最大的特点就是有强大的fans社群,你有问题基本上都能从哪儿找到答案! 从源码编译gromacs也比较简单,gromacs驱动QM接口模块可以支持与mopac7,gamess-uk, gaussian的QM/MM计算。
    2011-03-17 15:07