• AMBER
       AMBER 是一款半商业性的软件,根据有关报道,AMBER是做生物大分子模拟的首选软件。起初因为需要花钱我就没有选择他,现在迫于需要终于申请到了一个waiver版。我的计算中需要用到QM/MM功能。而其他的MD软件要么没有(NAMD),要么需要安装量化软件(GROMACS)。当然AMBER9也有SMD功能。初次运行AMBER感觉还可以。 1,安装容易     在linux下从源码安装,步骤简单,按照说明来就行了,编译速度也很快。 2,force field容易加载     现在流行的force field主要有amber和charmm的,在AMBER Parameter Database 有稀有分子,配体的force field,只需下载你所需要的,然后在执行tleap后用
    2011-03-17 15:09