• UDC分类号查询
     http://blog2.hit.edu.cn/xuejun/post/74.html
    2011-03-17 15:34
  • AMBER
       AMBER 是一款半商业性的软件,根据有关报道,AMBER是做生物大分子模拟的首选软件。起初因为需要花钱我就没有选择他,现在迫于需要终于申请到了一个waiver版。我的计算中需要用到QM/MM功能。而其他的MD软件要么没有(NAMD),要么需要安装量化软件(GROMACS)。当然AMBER9也有SMD功能。初次运行AMBER感觉还可以。 1,安装容易     在linux下从源码安装,步骤简单,按照说明来就行了,编译速度也很快。 2,force field容易加载     现在流行的force field主要有amber和charmm的,在AMBER Parameter Database 有稀有分子,配体的force field,只需下载你所需要的,然后在执行tleap后用
    2011-03-17 15:09
  • GROMACS
    GROMACS GROMACS是一款开放源码的分子动力学模拟程序,其field files支持amber格式,大家都知道现在MD程序中用到的top,parm文件基本上都产自charmm和amber程序。 說支持但用起来需要手工修改,不能用源文件,比较麻烦。如果你用过GROMACS,那么印象最深的应该是他满屏幕的显示,还有繁琐的工序pdb2gmx-->editconf--> genbox--->genion--->mdrun每跑一个样本下来,相当于编了几十行的程序。还有一点就是如果你的体系中有盐离子浓度规定的话,在genion这一步你需要修改.top 文件,我的天,真的很麻烦。不过幸好我最后把perl研究了一下,写了个脚本,让这一切统统一步搞定。所需要做得就是在运行脚本前设置好相应的参数,比如离子浓度。 当然这个软件最大的特点就是有强大的fans社群,你有问题基本上都能从哪儿找到答案! 从源码编译gromacs也比较简单,gromacs驱动QM接口模块可以支持与mopac7,gamess-uk, gaussian的QM/MM计算。
    2011-03-17 15:07
  • 分子动力学软件的一些信息 NAMD
    NAMD NAMD是一款并行的轻量级软件,并行当然是指可以多线程多CPU运行,轻量级是指整个可执行程序才3mb(压缩)“小“,起初因为我的机子是单CPU所以选择了gromacs,现在由于计算需要(smd),又开始用NAMD,这时我才发现他不光是free的,而且具有诸多优点: 1,容易上手.    对于一个新手来说安装不上,是非常恼人的,而NAMD在windows和linux平台下都有现成的可执行程序,下下来直接用就行了!当然如果你想自己编译也可以,注册一下就可以得到源码。另一点很重要,就是有丰富的资料和example,以前用别的MD最让人烦恼的就是,光看说明书就是弄不出来,而NAMD针对每一种方法都有详细的example,包你能跑出个结果。 2,灵活 NAMD提供可编程的TCL,大家不要小瞧了这个功能,许多MD的方法都是概念性的,软件开发的人不可能很快就跟上潮流,于是社群里的牛人们就利用TCL将各种新的算法弄出来了!我用的SMD方法虽说很成熟了,但涉及到哪些基团固定在一起牵引,选者距离参数,等等都靠自己编写代码完成。 3,快
    2011-03-17 15:04