王伟杰

AMBER是一款半商业性的软件，根据有关报道，AMBER是做生物大分子模拟的首选软件。起初因为需要花钱我就没有选择他，现在迫于需要终于申请到了一个waiver版。我的计算中需要用到QM/MM功能。而其他的MD软件要么没有（NAMD），要么需要安装量化软件（GROMACS）。当然AMBER9也有SMD功能。初次运行AMBER感觉还可以。1，安装容易在linux下从源码安装，步骤简单，按照说明来就行了，编译速度也很快。2，forcefield容易加载现在流行的forcefield主要有amber和charmm的，在AMBERParameterDatabase有稀有分子，配体的forcefield,...

GROMACSGROMACS是一款开放源码的分子动力学模拟程序，其fieldfiles支持amber格式，大家都知道现在MD程序中用到的top,parm文件基本上都产自charmm和amber程序。說支持但用起来需要手工修改，不能用源文件，比较麻烦。如果你用过GROMACS，那么印象最深的应该是他满屏幕的显示，还有繁琐的工序pdb2gmx-->editconf-->genbox--->genion--->mdrun每跑一个样本下来，相当于编了几十行的程序。还有一点就是如果你的体系中有盐离子浓度规定的话，在genion这一步你需要修改.top文件，我的天，真的很麻烦。不过...

NAMDNAMD是一款并行的轻量级软件，并行当然是指可以多线程多CPU运行，轻量级是指整个可执行程序才3mb（压缩）“小“，起初因为我的机子是单CPU所以选择了gromacs,现在由于计算需要（smd），又开始用NAMD,这时我才发现他不光是free的，而且具有诸多优点：1，容易上手.对于一个新手来说安装不上，是非常恼人的，而NAMD在windows和linux平台下都有现成的可执行程序，下下来直接用就行了！当然如果你想自己编译也可以，注册一下就可以得到源码。另一点很重要，就是有丰富的资料和example，以前用别的MD最让人烦恼的就是，光看说明书就是弄不出来，而NAMD针对每一种方法都有详细...