王伟杰

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   AMBER 是一款半商业性的软件，根据有关报道，AMBER是做生物大分子模拟的首选软件。起初因为需要花钱我就没有选择他，现在迫于需要终于申请到了一个waiver版。我的计算中需要用到QM/MM功能。而其他的MD软件要么没有（NAMD），要么需要安装量化软件（GROMACS）。当然AMBER9也有SMD功能。初次运行AMBER感觉还可以。 1，安装容易     在linux下从源码安装，步骤简单，按照说明来就行了，编译速度也很快。 2，force field容易加载

GROMACS GROMACS是一款开放源码的分子动力学模拟程序，其field files支持amber格式，大家都知道现在MD程序中用到的top,parm文件基本上都产自charmm和amber程序。 說支持但用起来需要手工修改，不能用源文件，比较麻烦。如果你用过GROMACS，那么印象最深的应该是他满屏幕的显示，还有繁琐的工序pdb2gmx-->editconf-->

NAMD NAMD是一款并行的轻量级软件，并行当然是指可以多线程多CPU运行，轻量级是指整个可执行程序才3mb（压缩）“小“，起初因为我的机子是单CPU所以选择了gromacs,现在由于计算需要（smd），又开始用NAMD,这时我才发现他不光是free的，而且具有诸多优点： 1，容易上手.